V roce 1990 těsně po zásadních společenských, politických a ekonomických změnách byla založena 2 českými fyzickými osobami soukromá firma AQUA PROCON. Cílem zakladatelů bylo poskytovat projektové a inženýrské služby v oblasti vodohospodářských staveb. Oproti jiným podnikům, které existovaly již v období před rokem 1990, se tedy firma AQUA PROCON ocitla již od začátku své činnosti v podstatě v tržním prostředí. Podařilo se využít možností, které se objevily po roce 1989 a byl tak vytvořen základ firmy resp. skupiny, která se od svého založení úspěšně rozvíjela až do její současné podoby.
V roce 1992 byla založena společnost AQUA PROCON s.r.o. jako právní nástupce soukromé firmy AQUA PROCON. Zakládajícími společníky firmy byli Ing. Petr Sukač, Ing. Jan Polášek a Ing. Josef Šebek.
V roce 1994 byla založena dceřiná společnost AP INVESTING s.r.o. společně s Ing. Stanislavem Jelínkem, který je od založení společnosti jejím ředitelem. Cílem této dceřiné společnosti je poskytovat inženýrské služby v oblasti investiční výstavby v těsné spolupráci s mateřskou společností AQUA PROCON s.r.o.
V roce 1998 AQUA PROCON s.r.o. investoval finanční zdroje do pořízení starého objektu v Brně na Palackého tř. 12 a do následné rekonstrukce s cílem vybudovat zde sídlo firmy. V květnu roku 2000 byly úspěšně dokončeny stavební práce a AQUA PROCON s.r.o. i AP INVESTING s.r.o se přestěhovaly do nového sídla. Toto je významný mezník v historii společnosti, protože nová vlastní budova umožnila další rozvoj nejen co do počtu zaměstnanců, ale i použití nejmodernějších technologií.
V roce 1998 byla založeno projektové středisko v Olomouci.
V roce 2002 AQUA PROCON s.r.o. expandoval směrem na západ republiky, byla založena divize v Praze. Další významný mezník v rozvoji společnosti, protože tímto krokem se stává společností s působností po celé České republice.
V roce 2000 získala společnost možnost účastnit se svým službami na projektové a inženýrské přípravě projektu „Ochrana vod v povodí řeky Dyje“. Investory tohoto projektu byly Svaz VKMO s.r.o., svazky vodovodů a kanalizací Blansko, Šlapanice, Třebíč a Žďár nad Sázavou. Jednalo se o první regionální skupinový projekt v České republice a v podstatě i v EU o celkových nákladech cca 49,1 mil. EUR. Cílem tohoto projektu bylo získat dotace z EU z fondu ISPA na obnovu a doplnění vodohospodářské infrastruktury pro 11 měst a obcí ve 4 okresech Jihomoravského kraje. V roce 2002 byla schválena EK v Bruselu dotace pro tento projekt, stavba byla zahájena v roce 2004 a byla úspěšně ukončena v roce 2007. Významný podíl na úspěchu tohoto projektu měl i AQUA PROCON s.r.o. Účast na tomto projektu byla pro společnost dalším mezníkem vývoje, protože získala významnou referenci a důležité zkušenosti s přípravou a realizací projektů financovaných z fondů EU. Toto bylo základem pro účast společnosti na dalších vodohospodářských projektech financovaných z fondů EU.
V roce 2003 získání významné zakázky na Slovensku pro projekt „Zásobovanie vodou a kanalizácia oravského regiónu“ (kompletní projektové a inženýrské práce). Cílem tohoto projektu bylo získat dotace z Kohezního fondu EU na obnovu a doplnění vodohospodářské infrastruktury ve 3 okresech (Námestovo, Dolný Kubín, Tvrdošín) Žilinského kraje. Celkové náklady projektu byly 73,2 mil. EUR. V roce 2005 byla schválena EK v Bruselu dotace pro 1. etapu tohoto projektu, stavba byla zahájena v roce 2006, ukončení stavby v roce 2009. Společnost AQUA PROCON s.r.o. získala významnou referenci na Slovensku a důležité zkušenosti s přípravou a realizací projektů financovaných z fondů EU v prostředí Slovenska.
V roce 2004 překročil roční obrat společnosti hranici 100 mil. Kč, to je více než 3,3 mil. EUR.
V roce 2006 odprodal Ing. Petr Sukač svůj podíl dalším dvěma společníkům.
V roce 2007 proběhla modernizace loga, která měla dát najevo, že společnost AQUA PROCON tady byla, je a nadále i bude. Byla vytyčena nová růstová strategie společnosti.
V roce 2008 byla založena zahraniční dceřiná společnost AP INVESTING SK s.r.o. na Slovensku.
V roce 2010 byla do skupiny začleněna Geodetická kancelář Kraus spol. s r.o., která poskytuje geodetické a datové služby.
V roce 2013 byla založena zahraniční dceřiná společnost v Chorvatsku AQUA PROCON d.o.o. se sídlem v Šibeniku.
Skupina AQUA PROCON se podílí na přípravě a řízení projektů financovaných z programů EU již od roku 1998. Zpracovává studie proveditelnosti a žádosti o dotace z programů EU včetně všech nutných podkladů na projekty menší, ale i velké o celkových nákladech řádově 100 mil. EUR. Zpracovává všechny stupně projektové dokumentace včetně inženýrské činnosti.